6月13日，环境保护部向媒体通报新设立的水环境管理司、大气环境管理司、土壤环境管理司组建及其运行情况。三个环境管理司自组建以来，人员已基本调整到位，工作机制不断完善，各项工作正协调有序推进。
2015年2月，中编办批复环境保护部不再保留污染防治司、污染物排放总量控制司，设置水环境管理司、大气环境管理司、土壤环境管理司。经过一年多的深入调查研究，广泛听取意见和建议，环境保护部制定了实施方案，并于2016年3月启动实施。
按环境要素设置水、大气、土壤三个司，是适应新的形势完成环境质量总体改善目标的重要改革举措，是促进环境管理转型的必然要求，是提升环境管理水平的迫切需要。主要目的是围绕环境质量改善的总目标，以水、大气、土壤三个有明确质量要求的环境介质管理为核心业务，理顺内部职责和业务关系，提高工作效率，更好履行环境保护的各项管理职能。
实施方案主要对三个环境管理司及相关司局的职责、内设机构和人员编制作了调整：在职能上，将原污染防治司和污染物排放总量控制司职能整合后按环境要素分到三个司，强化其包括制订环境标准在内的若干管理手段职能，并针对内部职责交叉问题，理顺农村环保、生态补偿、环境信息、考核创建等职责，明确工作分工。在机构设置上，根据职责调整和工作需要，对三个环境管理司内设机构进行合理设置，并对部内相关部门内设机构及职责作了相应调整。
目前，三个环境管理司正按照职责分工，紧紧围绕环境质量改善目标，贯彻落实水、大气、土壤三个行动计划，稳步推进各项工作。
